Dekanu u radu pomažu prodekani. Dekan može ovlastiti jednoga od prodekana da ga zamjenjuje u zastupanju i predstavljanju Fakulteta hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu. Prodekane bira i razrješava Fakultetsko vijeće na dekanov prijedlog. U odluci o izboru pobliže se određuje područje djelovanja i nadležnost prodekana. Prodekani su članovi Dekanskoga kolegija i Fakultetskoga vijeća.
- doc. dr. sc. Katarina Dadić, obnašateljica dužnosti prodekana za nastavu i studente, imenovana 24. svibnja 2022., e-adresa
- prof. dr. sc. Neven Hrvatić, obnašatelj dužnosti prodekana za znanost, imenovan 24. svibnja 2022., e-adresa
- doc. dr. sc. Ivan Perkov, obnašatelj dužnosti prodekana za poslovanje, imenovan 24. svibnja 2022., e-adresa
- doc. dr. sc. Ivana Greguric, obnašateljica dužnosti prodekana za karijerni razvoj i cjeloživotnu naobrazbu, imenovana 24. svibnja 2022., e-adresa
- doc. dr. sc. Wollfy Krašić, obnašatelj dužnosti prodekana za međunarodnu suradnju, imenovan 24. svibnja 2022., e-adresa